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沖縄科学技術大学院大学（ＯＩＳＴ）は、沖縄県国頭郡恩納村と共同で、同村の地方創生の取組である地域再生計画「沖縄科学技術大学院大学学園プロジェクト推進事業エコロジカル・スマートリゾート実現プロジェクト」を発足した。日本政府の「まち・ひと・しごと創生寄附活用事業に係る寄附を行った法人に対する課税の特例」が適用され、企業は、企業版ふるさと納税（地方創生応援税制）を通じて、同プロジェクトを支援することができる。２０２２年度末までに５０００万円から1億円の寄附金を集めることを目標としている。
このプロジェクトは、ＯＩＳＴで行われている海洋科学研究を通じて、恩納村の貴重な観光・水産資源である美しい海を守り、恩納村のブランド向上を進めることで、恩納村全域の発展を推進することを目指している。「海洋環境モニタリング・保全事業」と、「海洋環境研究成果等を活用した恩納村のブランド力向上事業」の二つの事業からなっている。
海洋環境モニタリング・保全事業では、主にＤＮＡ解析技術を用いた三つの研究プロジェクトと、軽石の漂着問題に対する科学的知見の提供、さらに、ＯＩＳＴの臨海研究施設である「ＯＩＳＴマリン・サイエンス・ステーション」にビジターセンターを開設することを目指す。
ＤＮＡ解析技術を用いた研究プロジェクトとして、ＯＩＳＴが東京大との共同研究によって開発した環境ＤＮＡ解析法を使い、サンゴ礁をモニタリングしたり、そこに棲息する魚などの生物の生息環境アセスメントを行う。サンゴ礁保全の取り組みに科学的な知見や技術を提供することで、サンゴ礁とその生態系に依存する文化や産業に持続可能な発展を促す。
サンゴ礁は、全地球の海洋生物のおよそ四分の一が生息している生物多様性の宝庫。サンゴ礁を守ることは、恩納村だけでなく、沖縄県、さらに全世界の生物多様性の保護の取組に寄与するものとなる。
海洋環境研究成果等を活用した恩納村のブランド力向上事業では、ＯＩＳＴの海洋環境研究について、特別講義やワークショップを実施するなど、研究の進捗状況や成果を積極的に情報発信。こうした取組を通して、恩納村を海洋環境研究の世界的な中心地としてブランディングを行う。
リゾート地として知られる恩納村が、リゾートと共存する自然環境の保全と向上、持続可能な社会の実現に積極的に取り組んでいることを広く知らししめることで恩納村の長期的な経済基盤の整備に貢献することを目指す。
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